词源不同、含义不同、形式不同等。词源不同：古刹，是梵语“刹多罗”的简称，指寺庙佛塔。刹多罗是佛教用语，意思是“能摧伏一切恶魔”的地方。古寺，是汉孝明帝为中国第一座庙宇白马寺所赐的名称，因为古代“寺”是指政府机关（如大理寺），汉孝明帝为表示对佛教的尊崇，故把和尚居住和礼佛的场所称为“寺”。含义不同：古刹，意思是年代久远的寺庙。出处为：南朝陈徐陵《出自蓟北门行》：“燕山对古刹，代郡隐城楼。”古寺，意思是历史悠久的佛教道场。出处为：唐李白《送友人入蜀》：“蜀中有古寺，深藏在峡中。”形式不同：古刹，一般指有佛塔或者宝塔的寺院。佛塔或者宝塔是佛教建筑中最具特色的部分，通常用来供奉佛舍利或者经文等圣物。古寺，一般指有大雄宝殿或者法堂的寺院。大雄宝殿或者法堂是佛教建筑中最重要的部分，通常用来供奉佛像或者进行法会等活动。
