两者主要是便利程度和收费的区别：

　　1、智能打新是系统自动进行日常的新股申购，不需要投资者手动打新，省时省力，不会错过每一只新股申购，不过此项业务一般是收费的，卖出需要投资者手动卖出；

　　2、新股申购指的是普通打新，当有新股发行的时候投资者可以进行申购，投资者有可能会错过申购。